Ovdje možete pronaći alate koje smo mi izradili, ali i neke alate koje su izradili drugi, a koje mi redovito koristimo.

 

Naše aplikacije:

 Korisne tuđe aplikacije:

  • BBMap - Alat za mapiranje DNAi RNA očitanja prilagođen za rad s trećom generacijom tehnologija za sekvenciranje
  • Gepard - Alat za grafički prikaz poravnanja
  • IGV - Interaktivni preglednik genoma
  • Minimap2 - Univerzalni program za poravnanje sekvenci DNA ili mRNA protiv velike referentne baze podataka
  • Hifiasm - Alat za brzo sastavljanje haploidnih, diploidnih i poliploidnih genoma, primarno dizajniran za PacBio HiFi očitanja
  • Shasta -  De novo sastavljač za duga očitanja, optimiziran za Oxford Nanopore (ONT) očitanja
  • Verkko - Hibridni alat za sastavljanje genoma razvijen za sastavljanje od telomere do telomere koristeći PacBio HiFi i Oxford Nanopore očitanja
  • Flye - De novo sastavljač za duga očitanja, poput onih proizvedenih od strane PacBio i Oxford Nanopore tehnologija
  • GfaViz -  Grafički interaktivni alat za vizualizaciju sekvencijskih grafova u GFA formatu
  • Bandage - Program za vizualizaciju de novo sastavljačkih grafova
  • D-Genies - Samostalan i web aplikacija koja izvodi poravnanja velikih genoma koristeći minimap2 i generira interaktivne točkaste dijagrame
  • Minigraph - Program za poravnavanje sekvenci prema grafu i konstruktor grafova
  • GraphAligner - Program za poravnavanje dugih očitanja s greškama na grafovima genoma
  • Samba -   Alat za sastavljanje i analizu genoma koji sadrži sastavljač genoma MaSuRCA, korektor pogrešaka QuORUM za Illumina podatke, softver za poliranje genoma POLCA, sastavljač kromosoma, brojač k-mer-a jellyfish i alat za poravnavanje MUMmer
  • DeepVariant - Analitička platforma koja koristi duboku neuronsku mrežu za identifikaciju genetskih varijanti iz podataka o sekvenciranju DNA sljedeće generacije
  • Yak - Alat koji pouzdano procjenjuje točnost baziranosti očitanja CCS i sastavljenih kontiga te istražuje sistematsku pogrešku očitanja CCS
  • Quast - Alat za evaluaciju sastavljenih genoma
  • Busco - Alat za evaluaciju sastavljenih genoma